“全能神”的产生和发展分为三个阶段：
第一阶段“能力主”阶段（1989-1991年）。赵于1989年初在阿城建立非法家庭聚会点，自称为“永源教会”，去河南接受“呼喊派”秘密培训、洗礼，回来后自称“能力主”，大肆进行传教活动，发展山东、河南、河北、安徽、内蒙及黑龙江等省近千名成员。当时一些狂热信徒对赵顶礼膜拜，信徒钻到赵的胯下，让赵骑在脖子上，并高喊“高举神的宝座，直到永永远远”，一个托累了，另外人争着替补，甘当“能力主”的宝座。
第二阶段“全能神”阶段（1991-1995年）。1991年赵从永源镇逃往河南继续从事邪教活动。1992年赵维山遇到杨向彬。1993年夏天，在河南汝阳“随灵”（女，40多岁）家聚会，赵维山率众见证“独一真神”是“全能神”，赵维山把他的组织改名为“真神教会”，自任“圣灵使用的人”、“祭司”、“全权”，实际操控发展组织。1993年至1996年间，组织不断发展，已有5000信徒，分布在黑龙江、河北、山西、内蒙、河南、安徽、山东等地。为逃避公安机关打击，1995年改名为“全能神”，1995年11月被中办、国办确定为邪教组织。
第三阶段“实际神”阶段（1995年以后）。1995年，在我国政府连续打击下，赵又改头换面，提出三个时代的谬论。自称已经到了“实际神”的国度时代。假借《圣经》上“东方发出的闪电”的内容，编写一本《东方发出的闪电》的书（因此农村地区又称其为“闪电派”）。书中赵把中国称为“大红龙（指共产党）国家”，把公安局称为“小红龙”，其核心思想是“勇敢的与大红龙展开决战”，号召信徒“动刀兵”、“准备好上战场”，目的就是要推翻共产党，建立神的国度。
“实际神”阶段经历了初步发展、快速发展、组织规范、遭受重创四个时期。
1、初步发展期
1997年，“全能神”组织已建立东北、安徽、河南、山东4个区，并设置“带领”，区设一线和二线传福音人员。区下设片，片里设“带领”和三线传福音人员，片下面设教会。
1998年9月，片改为小区。
2000年，全国增加调整为5个区。
2、快速发展期
2000年9月，赵维山出逃美国后，在美国建立了“全能神”总部，通过其在大陆的代理人何哲迅（化名罗刚），操纵指挥境内“全能神”组织活动。
2001年下半年，“全能神”又增加3个区，达到8个区，分别是：黑龙江区、辽宁区、豫南区、豫北区、安徽区、江苏区、河北区、山东区。2001年底，全国信徒发展到大约40万。
2002年上半年，赵维山指令加快组织发展速度，在每个区成立6个一线传福音队伍，在每个小区成立2个二线传福音队伍。2002年下半年，又增设华南区（两湖、两广）、浙江区，“全能神”信徒已达80万。至2003年底，信徒大约120万。2004年信徒大约180万。
3、组织规范期
期间，“全能神”组织机构发生较大调整，设立监察组，发布关于钱财、用人、发展成员的方式等规范，规范组织行为。
2005年上半年，赵维山指令提拔任命监察员。2005年6月，何哲迅在驻马店市一接待家召开同工会，参加人员有“全心”（河北）、“事奉”（河南）、“得着”（华南）、“体贴”（山东）、“用心”（安徽）、“透亮”（浙江）。会议选拔监察员，明确各区工作范围。截止2005年下半年“全能神”信徒约有220万。
2007年9月前后，因为东北区监察员“全心”迷惑人事件，被赵维山定为“敌基督”，赵维山认为何哲迅失职，责令重新选举监察组组长，何哲迅被迫辞职（2009年被抓获）。2007年10月，赵维山认命“有灵”（2009年被抓获）为监察组组长，任命“事奉”为监察组副组长。何辞职时，全国大约有300万信徒。
此后，“全能神”组织不断变化，监察组成员更换频繁，到2009年监察组被打掉前，全国设8个牧区：辽东、冀晋、陕甘、浙闽、湖广、川贵、齐鲁苏皖、全豫，监察组长：有灵，监察组副组长：实行、正道。
4、遭受重创期
为打击“全能神”的非法组织活动，公安部组织全国公安机关于2009年始，部署严厉打击其非法组织及犯罪活动，曾悬赏50万元缉捕赵维山。2011年12月，在公安部统一指挥下，全国公安机关开展以“缉骨干、摧组织、追资金”为内容的“风暴”统一破案行动，再次对“全能神”组织实施专项打击，抓获“全能神”邪教组织境内一号核心头目马腾梅及“河南牧区”各级骨干120多人，打掉了指挥境内“全能神”的核心“电脑组”，收缴现金、黄金折合人民币两千多万元，摧毁了“全能神”邪教在河南的组织体系。
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