“全能神”邪教组织自上而下建立了一套严密的组织体系，以“祭司”为首，下设“监察组”、“牧区”、“区”、“小区”、“教会”、“小排”六个层次，其中“监察组”组长、副组长是“全能神”邪教组织在我境内最高头目，通过互联网直接接受赵维山的指令。在“监察组”中，还设有电脑组、文字组、诗歌组、资金组等小组，分别负责网上勾连、转移财产等工作。成员大部分是文化素质较低的农村妇女。
在其内部组织体系中，名义上最高者为“女基督”，主要负责说话；身边有“七灵”，是她的助手，主要负责服侍、保护“女基督”，记载和帮助她修改整理她的“著作”；实际最高权力的掌握者 “大祭司”——赵维山，主要负责行政管理、安排各地行政教务、工作的差派、钱财的分配、书籍的印刷、教规的执行、设立各地方的领袖等。赵维山身边的核心人员被称为“圣灵所使用的人”，还是“全能神”总部“各部门的领导”，主要协助赵维山处理各个部门的教务工作，并为他出谋划策。另外，“全能神”在各省都设有分部，设立有“省级的分部领导”，主要负责所在省份及地区的教务工作，“区级领导”主要负责所在地区内的所有教务工作，“县级领导”主要负责所在县市内的一切教务工作，“城乡的领导”主要负责管理所在城乡的教务工作。
“全能神”各地的基层教会分大区——小区——分号教会，负责人叫“带领”，一个分号教会要求不超过50人，人增多后再分成新的分号教会，比如一号教会、二号教会、三号教会等，依此类推。他们分10—20人为一小组，设有一名组长；40人为一小排，设有一名排长。各排各组都有一名“上级”从外地调来的“讲道高手”相助；自上而下，每层安排一名漂亮女人供该层的“男负责人享用”，美其名曰“过灵床”，又叫“三日轮转”。他们的每一层都设有一线、二线、三线、四线人员：一线主持工作，二线见证工作，三线摸底、铺路，即开展新的工作，四线接待服侍。他们在各地设有“联络站”，即接待点；特殊的“训练基地”，即训练窝点，专供软禁人、“审判”人、为人洗脑所用。每一层的领导身边还有一两名打手，一是为保护领导者的安全，二是为帮助领导惩治那些违反“行政”或他们认为该受咒诅的人。
“全能神”内部有模仿国家行政管理体系的组织运作和管理体系——省、市、县、乡、村、组层层严密的组织，有“国教”的教主——大祭司，有各地的“官员”——各级领导，有自己的“行政纲领”——“十条行政”，有不同阶层的“国民”——五种人，有“京都”——总部，现已由中国转设在美国，由教主赵维山“全权”遥控指挥在中国内地及世界各地的工作。
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