从语义的起源看，中文“邪教”一词中的“邪”来源于佛教概念附佛外道的定义，“邪”是用来称呼与正统佛教教义抵触的教派。唐玄宗议论摩尼教时也用“邪见”称呼摩尼教教义。与“邪教”相当的称谓还有源自早期道教的“左道”、“妖邪”等。英文的cult与中文“邪教”的语义相近，尽管cult含有负面价值的评判，但贬义色彩远没有中文“邪教”一词强烈。所以有人认为，若英文以evil cult指称，则与中文的“邪教”语义更为贴近。
根据语义的辨析已经知道，邪教的指称具有一定的主观性。而且，由于在人类文明演化进程中的政治、意识形态和哲学因素的影响，邪教的指称更渗透了主观性。例如，基督教创立初期是被罗马帝国政府视为邪教的，直到公元4世纪罗马元首君士坦丁大帝宣布皈依基督教，基督教也从过去的被称为邪教，摇身一变成为罗马帝国的国教。遗憾的是，基督教取得统治地位后，又以其他宗教为异端邪教。例如，东罗马帝国皇帝狄奥多西二世在公元435年颁布命令，禁止犹太人以外的异教徒仪式，将异教徒神庙改成基督教堂，反抗者处以死刑。此外，1096年到1291年发生的9次十东征更是体现了欧洲天主教徒控制的国家曾经把伊斯兰教和新教定为邪教，从而号召基督徒参加十字军东征，酿成了人间无数惨剧。
有鉴于历史和文化的这些原因和因素，美国宗教学术界主张抛弃使用“邪教”这个主观概念，取而代之的是不含贬义色彩的中性的“新兴宗教”概念。但是，世界大部分国家的宗教界则认为，邪教的指称是可以成立的，区分点在于，如果某宗教、宗派、组织或团体的主张与主流相异只是在信仰、意识形态、哲学和政治上时，不应指称为邪教。但是，如果某宗教和宗派的主张涉及杀害他人和自己的信徒、谋财、欺骗、性侵和种种危害社会的行为之时，即作恶，就属于邪教，而且应当受到法律的制裁。根据这个原则，“全能神”教徒在光天化日之下杀人，当然是邪教，更应受到打击。
同时，从社会生活的范畴来看，判断一个组织或宗教是否为邪教，也有充分的根据。
史蒂夫·哈桑(Steve Hassan)在2000年出版的《释放束缚：使人们能够为自己着想》一书中，从一个组织或教派对其成员在行为、信息、思想和情绪四个方面的控制对邪教做了阐述。在行为控制方面，成员的衣食住行受到规范，成员不能自做决定，必需先取得批准，同时需要汇报思想，将自己感受与行动报告给上层成员等；在信息控制方面，使用谎言，包括控制消息，歪曲信息，鼓励教徒互相举报，成立相互监督制度等；在思想控制方面，将教义定为真理，宣扬非黑即白的两元思维论，压制思考，只容许“好”及“正确”的想法等；在情绪控制方面，过度夸大罪恶感和过度夸大恐惧，包括让成员害怕自我拿主意，怕领导人、怕外界，怕敌人，怕失去救赎，怕离开教派，对离去者进行迫害等。
从已经揭露的“全能神”的情况看，该组织也符合哈桑对邪教的定义。
当然，还有更为简单和明确的判断邪教的标准，即以社会学的“危险性”标准来判断。一个组织或团体利用科学、宗教或治病为幌子，掩盖其对信徒的权力、精神控制和盘剥，以最终获取其信徒无条件效忠和服从、并使之放弃社会共同价值观（包括伦理、科学、公民、教育等），从而对社会、个人自由、健康、教育和民主体制造成危害，即为邪教。从这个意义上来看，“全能神”当然是邪教组织。
邪教不只是中国的问题，而是世界性的问题。全世界有多少邪教，没有人统计得清楚，也许是数不胜数。现在，中国政府已明确认定中国境内有14个邪教组织。如何打击邪教组织对公民人身安全的威胁和社会危害，是一个全新的任务和研究课题。而要打击邪教，就要调查和认清邪教产生的基础，并铲除这些基础，才能根除邪教。
概括起来，中国产生邪教有一些相当深厚的社会基础，如贫穷和闭塞、贫富差距悬殊、公平正义失缺、贪渎失职、仇官情绪浓烈、信仰危机、思维和行为的一元化、战争和混乱等。除了后面一两个因素，中国邪教的出现都与这些因素有关。
因此，打击邪教需要全方位的努力和行动。
