全能神1995年成立以来，经过赵维山等人十多年的苦心经营，已形成了一套等级分明、组织严密和高度集权的管理体系。根据全能神《神家各级带领、工人的职责规定》，全能神的管理体系共分四个系统：
一、行政系统
全能神头目2000年出逃美国后，全能神总部也随之迁往美国。通过不断调整，目前全能神在国内的行政体系分为6级：监察组、牧区、区、小区、教会和小组。全能神把全国划分成8大“牧区”，在地市设“区”，在县和城市区设“小区”，在乡镇设“教会”。监察组是境内最高行政机构，全面负责境内全能神的一切活动，由组长、副组长负责，下设电脑组、校对组、资金组等专门机构，直接听命于远在美国的“大祭司”、“圣灵使用的人”赵维山；牧区设监察员、监察助理等职务；区、小区、教会设带领、搭配、联络执事等职务。小区搭配以上职务实行异地交流任职，本居住区内信徒不得担任。各级带领的任命、调换和裁撤均由上一级带领负责，当某一级带领被公安机关抓获或内部调动、提拔出现空缺时，在上级组织未安排接任者前，处于该地区中心位置的区或教会的带领会自动接任，临时代理工作。
全能神管理层的每一级都设有一线、二线、三线、四线人员。一线主持工作，二线见证工作，三线摸底（利用各种关系去了解发展对象，获取其信任）、铺路（对发展对象灌输初步的邪教理论），四线接待服事。
全能神的所谓“传福音”就是发展信徒。传福音分为一线传福音队和二线传福音队。一线传福音队由牧区任命，主要负责信徒较少，需要大规模发展的区；二线传福音队由小区任命，主要负责本小区内的传教活动，二线传福音人员每月外出传道时间不得少于15天，业绩突出者可以提升为一线传福音。传福音队由带领负责，每个带领领导若干“工人”（基层组织负责讲道的人），一个工人一般负责指导三四个初入教的信徒“吃喝神话”（学习神说的话）。另外传福音队还设有“配搭”帮助传福音；设“生命交流”发放和回收教内各种资料；设“环境调查员”收集哪些教友被抓及被抓原因、是否叛教等情况。
三、后勤保障系统
全能神在牧区以上均设有后勤组织或事务队，负责保障组织的正常运转，直接受带领指挥。后勤组织或事务队设由“事务长”（也称“事务总管”）负责，主要工作包括：1、教内所有书籍资料的运送和分配；2、购买、分发手机等通讯工具；3、传递信徒所写的“见证”（吃喝神话的心得体会）；4、协助带领选择“接待家庭”。
四、联络系统
全能神的联络系统分为省级联络员、地区联络员和生活执事三级，主要负责教内上下级之间和各工作区之间互相传达交流各类信息。联络手段包括通讯联络和人工联络两种。区以上骨干使用通讯联络，区以下骨干使用人工联络。通讯联络实行定人定时使用，手机号码一般使用三个月左右就会更换，固定电话相对稳定，但通话量很少。一般是上线联络下线，没有特殊情况，下线不得和上线通讯联络。同时还规定在特殊情况下不得使用通讯联络，而采取人工传递方式。
