一是自上而下建立完整的组织体系。
全能神在中国大陆的组织体系，自上而下依次是监察组、牧区、区、小区、教会、小排。并且各级组织中，既有负责发展成员的福音执事，也有负责“洗脑”的讲道员，还有负责管理的带领。全能神组织内部人员分工明确，各司其职。
二是制定了完备的规章制度。
譬如《神选民必须遵守的“十条行政”》、《进入信神起码该具备的“十项实际”》、《达到在试炼中站住见证的“十一条标准”》、《达到办事有原则必须进入的真理实际》等。在这些规章制度中，主要规定了“女基督”与“大祭司”应当享有的各项权利，譬如享受“祭物”的权利，以及信徒必须尽到的各项义务，譬如“敬拜神”、“高举神”、“吃喝神话”、“尽本份”、“事奉神”等。
三是对成员分类管理。
该邪教制定《教会生活管理原则》，要求根据信徒忠诚度，分为A、B、C组，分别聚会，分类管理。A组成员，是所谓“追求真理”，“甘心尽本份”，“喜爱吃喝神话”的人；B组成员，是所谓“对神话、对生命经历不开窍的人，聚会中好打岔、好瞌睡的人，说话好抬扛、钻牛角尖的人，以及不常聚会的所有不追求真理的人”；C组成员是所谓“人性太坏，跟谁都合不来，在教会中不起好作用，被多数人厌憎远离与对神常有观念、常有怀疑论断的人”。
四是对高层骨干进行安全保护。
该邪教制定的《教会设立的原则》中明确规定：“设立教会可以由传福音的人直接设立，也可以由当地教会的传福执事或浇灌新人的来设立，教会带领、小区带领可以幕后指导此事，不要出头露面”。该邪教强调：“小区带领、区带领更要保护好自己，要有更安全的措施，学会在幕后指挥工作，一般情况都不要露面，能叫别人代办的事就托付别人去办，如果没有合适的环境就不要轻易露面”。之于牧区、监察组的成员，安全保护措施更加严密。
五是经常性进行内部清洗。
该邪教明确规定：“神选民必须清楚的必受惩罚的五大恶行：1、偷吃祭物（凡是把神的祭物占为己有的人）；2、卖主求荣（为大红龙效力成为撒旦帮凶的人）；3、站地位迷惑人（凡是属于假带领假工人不引咎辞职的）；4、搞独立王国的敌基督（凡是想控制人搞独立王国的都属于敌基督）；5、一贯搅扰教会生活的恶人（凡是作恶多端屡教不改的）。凡是犯有五大恶行的人必须开除，永远开除，神选民应该弃绝他们”。为此，内部经常“清开”。
六是逐层考核，强化组织控制。
该邪教要求按照《教会生活安排》等规定中所谓“四个分辨”、“十个区别”、“十项实际”，每年要逐层考核，考核方式是“由上至下，一级考核一级”，譬如监察员考核区带领与区讲道员，区带领与讲道员考核小区带领与小区讲道员，小区带领与小区讲道员考核教会带领与执事。若不能通过考核，及时撤换。
七是要求该邪教成员，尤其身处重要岗位和担任重要任务的该邪教成员，要发“毒誓”。
相对于各种邪规对该邪教成员的外在他律约束，“毒誓”属于该邪教成员的内在自律约束。“毒誓”之毒，一在内容恶毒，二在用语恶毒。出于心理学之自我认同，该邪教成员一旦发“毒誓”，为信守誓约起见一般不敢违背，深恐违背誓约会受“神罚”。
八是暴力恐吓与精神恐吓并用。
全能神邪教经常性威胁其成员，譬如“凡是邪灵败坏过的我一个都不使用，我一脚踢出去”。又譬如“使用你的时候是我，不用你的时候也是我，万有都由我摆布，一切都老老实实，规规矩矩地掌握在我手中，谁敢乱动一下，我立即击杀了你”。再譬如“事奉的事不能乱插手，掺杂己意，否则我要击杀你，再严重的，不好好顺服，乱说乱做，剪除你”。除了这种用所谓“闪电击杀”之类的精神恐吓威胁成员外，对于所谓“敌基督”、“抵挡神的人”、“犹大”。
从以上所述可知，全能神邪教较之国内其他邪教，组织更加严密，邪恶程度更深，社会危害更大。因此，必须远离该邪教，一旦陷入其中，再想脱身，绝非易事。之于陷入该邪教泥潭的痴迷者，要尽早醒悟，悬崖勒马，迷途知迷，否则越陷越深，终将成为该邪教的殉葬品。
