两人的结合让杨向彬倍受鼓舞。1991年底，杨向彬写了一篇“神话”，宣告信徒成为“子民”，称此前为“效力者试炼”，并宣告结束“能力主”，改信“神本体”。从淘汰对象到可能升天堂，众信徒转惊为喜，开始死心塌地的信奉“神本体”。
“神本体”又是一个复杂的体系，分为“全权”、“全成”、“全备”、“全荣”、“全胜”、“全智”、“全尊”、“全贵”等神。杨向彬为“全成神”，主要工作仍是写“神话”，赵维山为“全权神”，负责管理教会。
为了进一步巩固自己在教会中的控制权，赵维山于1993年夏在河南汝阳召集教徒聚会。在聚会中，赵维山借用“神话”将杨向彬推为“独一真神”，又称“全能神”、“女基督”。此后，信徒的主要聚会活动就是读“最新神话”，听“神”的“讲道录音”。据警方摸底，此时“全能神”信徒分布在黑龙江、山东、河南、安徽、河北、山西、内蒙等地，人数近5000人。
1995年底，赵维山成为“祭司”，继续掌管所有教权。
1997年，赵维山为“全能神”分设东北区、山东区、安徽区和河南区。区内设一、二线“传福音”。A警官解释说，所谓“传福音”，就是公司的营销经理，以拉来教徒为主要考核指标。区下设“片”，任命“片带领”，内设三线“传福音”；“片”下设“教会”，教会内有“带领”、四线“福音”。
1998年9月，“片”改为“小区”，区下设一、二线“福音”队伍，小区设三线“福音”队伍，教会设“福音”执事、生活执事、事物执事和联络执事。一年后，“传福音”队伍再次调整，区设一线“传福音”，小区设二线“传福音”，教会设三线“福音”。
2000年6月左右，赵维山在河南襄城县召集同伙聚会，下发“神话”《关乎神使用人的说法》，赵维山由“祭司”上升为“圣灵使用的人”，也有人将其称为“大祭司”。
至此，赵维山基本搭起了“全能神”的高层权力班子。
“女基督”杨向彬高踞权力塔尖，却是只能写歪理文章的傀儡。赵维山是“圣灵使用的人”， 也有人称其为“大祭司”，掌管教会所有实际权力，成为实际上的教主。赵维山之下是核心级别的“监察组”，共有7人组成，赵同时兼任监察组成员，早期追随者何哲迅被封为监察长。
窜逃美国遥控指挥，2007年曾被“打残”
面对警方的严厉打击，赵维山感到惶恐不安。2000年9月6日，赵维山携杨向彬等人窜逃美国。在一些势力的支持下，赵维山遥控指挥国内的信徒。
面对政府打击，赵维山挖空心思发展信徒队伍，拼命加强“营销队伍”。2002年上半年，赵维山批指令加强“传福音”队伍，每个区成立6个一线“传福音”队伍，每个小区成立2个二线“传福音”队伍。为应对信息时代发展需要，赵维山还指令成立了电脑组和翻译组。
随着政府打击加剧，教徒流失现象时有发生。2006年底，赵维山开始要求教会认识“人类的败坏”，对“实际神”邪教信徒加强精神控制。
为了加强对组织的控制，赵维山对教会持续改革。
2005年上半年，赵维山指令取消工作区，任命6名监督员直接听命于他。同时成立了文字修改组、校对组、设计组、朗诵组。四组当中，文字修改组中的“超脱”、“毅力”等人较为重要，他们主要修改信徒的“见证”，就是把他们的心得体会润色后编辑成册，从而加强精神控制。
2007年9月，赵维山不再信任他的铁杆粉丝何哲迅，他逼迫何哲迅辞职，同年10月任命“有灵”为监察组长。此时，“全能神”号称全国有信徒300万人。
2007年底，赵维山把全国分为9个牧区：辽东牧区、晋冀牧区、陕甘牧区、全豫牧区、齐鲁牧区、苏皖牧区、浙闽牧区、湖广牧区和川贵牧区。至此，“全能神”的权力架构完全明晰，最高层为“女基督”，下为“圣灵使用的人”，实际的权力中枢为监察组，接下来依次为牧区、区、小区、教会。
随后，赵维山的疯狂招来了全面清剿。公安部成立专案组，抓获监察长“有灵”和原监察长何哲迅，把监察组、牧区、区三个级别骨干一网打尽。全能神教被“打残”。
因基层信徒没有悉数转化，“全能神”残而不死，其势力暗流涌动。2012年12月7日，赵维山指令“全能神”组织了全国性的公开活动，走上街头传播世界末日，企图借机发展信徒。公安机关再次出击，对“全能神”教开展全方位打击。目前，全国公安机关已抓获邪教人员上千名。
